第三季的标题确定为「二人是MilkyHolmes」，与前两季不同的是这次每话只有12分钟。剧情方面，新作的时间设定是前作的两年后，稍微成长了一点的MilkyHolmes四人，将会迎来和美和爱丽丝两位后辈，而随着两人的加入侦探小组的名称也改为“M…

来研修旅行的福尔摩斯四人泡着被猿们包围的温泉休息之时，突然警报鸣声响起！怪盗帝国的四人盯上了宝物。福尔摩斯V.S.怪盗帝国，双方全力使出TOYS展开激烈的战斗！此外Genius4也迎面而来，发展成三面的激斗！但是，就在这场大激斗之中，…

作品讲述的是在二十一世纪这个“大侦探时代”中，以侦都横浜为舞台，4名立志成为名侦探的少女与曾经是侦探的青年的故事。