在20XX年，日本面临着最后一场战争的危机，一个军事公司开发的“大规模毁灭性超级武器”被恐怖组织夺走。同时，半机械人的克里斯·索奥托姆（Chris Saotome）被转换为杀戮武器，遇到了一个名叫萨拉的神秘女孩....

怪奇现象调查组织SSP成员某天收到了来自艾克斯奥特曼的变身器艾克斯终端。有雨落入了敌人的陷阱，特殊防卫队Xio的队员大空大地（高桥健介 饰）被迫与艾克斯奥特曼解除了一体化的联系。在此之后，大地下落不明，艾克斯奥特曼值得拜托SS…